Godzilla Hồi Sinh bắt đầu từ khi Tokyo Bay Aqua-Line bí ẩn lũ lụt và sụp đổ, Phó Chánh văn phòng Nội Rando Yaguchi của Nhật Bản tin rằng vụ việc đã được gây ra bởi một sinh vật sống. Tuyên bố của ông khiến Thủ tướng Chính phủ cảm thấy không hài lòng và những giả định vụ tai nạn đã được gây ra bởi một thảm họa tự nhiên. Tuy nhiên những dấu hiệu từ vụ thiên tai không giống với bình thường, khả năng của một con quái vật khổng lồ trở thành hiện thực và cuộc sống của người dân sẽ bị đặt vào tình trạng báo động.