Nhà Tù Thứ 3 xoay quanh câu chuyện về một ngôi nhà tù tử thần, khi nơi đây chỉ giam giữ những tên tử tù và tội phạm khét tiếng luôn xem thường pháp luật. Mọi thứ bắt đầu thay đổi sau khi có sự xuất hiện của Lee Tae Sik một người chủ cũ của Quốc gia, đã làm thay đổi một kỷ nguyên quyền lực mới trong nhà tù. Lúc này người quản giáo mới Jo Pyeong Ho đã gây ra một tội ác và bắt đầu giam cầm đánh đập những tù nhân đầy tàn bạo. Và giờ đây bắt đầu một cuộc chiến giành cho những kẻ ác và quyền lực xảy ra trong tù.